La Unibautista realiza convenios de carácter académico con: iglesias, denominaciones, organizaciones pro-eclesiales, universidades y entidades afines. Con el propósito de ampliar su cobertura, cooperar con fines investigativos y desarrollar proyectos de servicio a la comunidad cristiana y al pueblo en general.
Estos convenios se analizan y reciben la aprobación de la rectoría, con previo estudio y recomendación de la instancia respectiva;entre las que se encuentran: el comité académico, el comité de investigaciones, la dirección administrativa, la dirección de extensión universitaria, la dirección de medio universitario y el departamento financiero.
Los convenios permiten que estudiantes, usuarios del campus y otras personas vinculadas a las entidades participantes reciban beneficios tales como: Becas, Descuentos, Ayudas, Participación conjunta con grupos de la Unibautista en proyectos específicos.