La Unibautista de Cali, es una entidad fundada por la Denominación Bautista Colombiana; por esta razón su Consejo Directivo tiene una conformación que refleja esa identidad, pero que no excluye la participación de otros representantes de las diferentes instancias que conforman la comunidad universitaria.
A continuación se mencionan los miembros activos del Consejo Directivo de la Unibautista.
| No | NOMBRE COMPLETO | CARGO |
| 1 | Loyd Rodgers | Representante Junta de Misiones. |
| 2 | Jorge Rozo | Miembro de la Denominación Bautista Colombiana-DBC. |
| 3 | Oscar Zabala | Representante de la Federación de Iglesias Bautistas del Occidente Colombiano. FIBOC |
| 4 | Nicolay Pérez. | Miembro de la Denominación Bautista Colombiana-DBC. |
| 5 | Javier Barco Saavedra | Profesor de la Fundación Universitaria Bautista. |
| 6 | Juan Camilo Esguerra | Estudiante de la Fundación Universitaria Bautista, representante CEFUB. |
| 7 | Pablo Moreno Palacios | Rector. |
| 8 | Sonnia Robles Millán | Secretaria General |
| 9 | Nohemi Janson | Presidente de la Denominación Bautista Colombiana. |
| 10 | Arnulfo Durán | Director de la DBC |
| 11 | Rebeca Jiménez | Representante de la Federación de Iglesias Bautistas del Occidente Colombiano. FIBOC |
| 12 | Julián López Zamorano | Egresado de la Fundación Universitaria Bautista. |
